公元1368年，朱元璋建立明朝，因为当时天下并未统一，朱元璋并没有急着封功臣，到了第二年，有些功臣按捺不住，便纷纷上书索要“名分”。朱元璋稳定军心，打算修建一座功臣庙，第一批入驻功臣庙的将领，共计21人。古人讲究位次排名，有一位将领听说自己“上榜”，但没想到自己是最后一名。
在朱元璋的麾下，有两员大将常常让明史学者们分不清楚，他们分别是汪兴祖和孙兴祖。其中，汪兴祖，合肥人，16岁跟随朱元璋渡江，是水军将领中的佼佼者，洪武四年攻打四川时战死，年仅34岁，被封为东胜侯。而孙兴祖是凤阳人，20岁投奔朱元璋，一直跟着徐达，是徐达的得力干将，洪武三年北伐蒙古时战死，年仅35岁，被封为燕山侯。二人名字相近、死亡时间相近，但相比起来，孙兴祖比汪兴祖更出名，因为后者是第一批进功臣庙的21位大将之一。
根据《明史·卷一百三十三·列传第二十一》：
孙兴祖，濠人。从太祖渡江，积功为都先锋。战龙江，迁统军元帅。
孙兴祖最初跟着徐达，屡立战功，后来在龙湾之战中表现不俗，被升任统军元帅。孙兴祖是个文武全才，他非常注重军队纪律，因此，他麾下的将士们都很铁血。
朱元璋和陈友谅决战时，为了防止张士诚偷袭，需要一位铁血悍将驻守海陵（属江苏泰州），徐达推荐了孙兴祖。当时张士诚派3万大军攻打海陵，孙兴祖城内仅有5000余人，但却把海陵城守得固若金汤，让张士诚束手无策。洪武元年，徐达攻入元朝大都，留孙兴祖驻守北京，后来徐达转战秦晋，朱元璋怕蒙古人偷袭北京，徐达说：“北平有孙都督，不足虑。”（北京有孙兴祖驻守，不用担心。）可见，孙兴祖在徐达心目中的地位。
朱元璋称帝的时候，并没有急着分封功臣，因为当时的福建、两广、川贵、秦晋都没有平定，朱元璋原本是想等天下都平定后，再论功行赏。但这帮将领都是社会底层出身，好不容易等到明朝建立，就等分封，十分着急。朱元璋为了让大家安心，先设置功臣庙，第一批21位将领，以徐达为首。但中国人讲究位次，孙兴祖排在最后一位。孙兴祖给朱元璋上奏说：
臣闻水利万物而不争，既有幸入庙，愿为末位。
朱元璋十分惊讶，大赞孙兴祖格局很高。《明太祖实录》云：
丙寅功臣庙成，命论次诸功臣之功，以徐达为首，次常遇春，次李文忠，次邓愈，次汤和，次沐英……次孙兴祖凡二十有一人，于是命死者塑其像于庙祀之，仍虚生者之位。
第二年，徐达出兵蒙古，孙兴祖带领燕山六卫协助徐达，在不剌川和蒙古军队遭遇，孙兴祖为掩护徐达的大军，力战而死。朱元璋听闻孙兴祖去世，较为惋惜，亲自祭奠，追封他为燕山侯，并且厚待其家人。
朱元璋建国之初，名将如云，孙兴祖的名气虽然不如徐达、常遇春响亮，但在明初将领中，孙兴祖也算是一位响当当的英雄。只可惜，35岁战死，英年早逝，后世对此人知之甚少。
