宝印禅师自号别峰，南宋嘉州(今四川乐山县)人，俗姓李。当他还很年轻的时候，就通达《诗》、《书》等儒家经典；稍微大了些，他又穷究《史记》、《汉书》等七大史书。而且，他自打稍知人事之日起，便十分厌恶尘俗污秽，而特别仰慕佛门净土，一心想投身其中。后来，他终于辞别父母，来到德山寺，投身于清素和尚法座之下，削发剃度。
在德山寺，宝印禅师跟随清素和尚学习、参究《华严起信论》，不多久，便完全参透了其中旨意。他想：如果整天沉醉在教本中，而不关涉佛教大义，终非解脱之道。于是便辞别清素和尚，前往中峰寺密印禅师法座之下习禅。
一天，密印禅师座下有一位弟子询问师傅：“岩石死生起灭不停，怎么还会是岩石呢？”密印禅师一听，大声呵斥道：“到底是谁在那里死生死灭？”当时，正好宝印禅师也在场，听得师傅这一声断喝，顿时悟道。
正好此时，名重一时的圆悟禅师要从中原回归蜀中昭觉寺。密印禅师便让宝印禅师代表自己前去迎送他一程，同时也好向他求学问道。于是，宝印禅师就跟随其他前来省视的僧众一起进入圆悟禅师习禅之室。大家见过礼之后，圆悟禅师便问大家：“从前的祖师先圣们，他们用什么方式来迎送宾客？”
听禅师如此询问，大家认为他必定又在询问，启迪某种禅师，因此，大家无不面面相觑，满座之中，竟然没有一个人能够回答。见此情景，宝印禅师就不顾了自己后学晚辈的身份，也不管自己是否真的懂得其中方式，便霍地站起身来，高举双拳借以示意。
圆悟禅师一见，笑着说：“你这是老和尚们常用的方式，不是先祖上圣们使用的方式。”宝印禅师一听，随即灵机一动，随意挥动起自己的一双大拳头。圆悟禅师一见，不觉大喜也举起拳头，用力挥动起来，并与宝印的拳头两相交错缠绕起来……这种心灵神通，情感契合，不禁使二人相视为之大笑。
后来，宝印禅师又远道前来径山，（在浙江余杭县西北），拜谒一代高僧大慧禅师（即宗杲禅师，宗杲号大慧）。大慧禅师问他说：“你从何而来？”“西川（今四川西部一带）。”宝印禅师回答他说。
大慧禅师一听，说：“你尚未爬出剑门关的时候，我就已经给了你三十大棒了。”宝印禅师一听，心知大慧禅师语中带禅，意在考问自己何以不远千里，来到径山？于是便诚挚地回答说：“我冒昧惊动大师，还望大师多加宽谅。”大慧禅师一听，觉得宝印禅师的慧心不错，禅理机巧，自然心中欣喜，便留下他跟自己习禅。
后来，宝印禅师奉朝廷之命，住持雪宝寺。到了宋孝宗淳熙七年（即公元1180年）秋天，孝宗皇帝特地诏命宝印禅师来到皇宫之内的选德殿，赏赐给他肩舆，然后便开始向他求佛问道起来。
皇帝问：“儒、道、释三教的先祖圣人，在初创教门之时，是否同出一理？”宝印禅师回答说：“这就好比虚空，东西南北，最开始的时候毫无二致，是一个道理。”
“可是，圣人们各自设立的门户却又不尽相同。比如孔丘，他就是靠中庸之道创设了儒教。”皇帝接着问。
宝印倒也不急，不慌不忙地对答道：“如果圣人不采用中庸之道，凭什么来安身立名？所以，佛教的《法华经》中说，用以统治与调理这个世界的经典语言，大体相同，而且跟社会实际不相违背：《华严经》里也说，不败坏世间成法，就能够修证得出世解脱之道。”
皇帝似有所悟，点点头，接着又说：“只可惜现在那些儒士，学习孔丘的著作，却又多只知道从文字、语言上下功夫，而全不顾孔子的思想，不懂得孔子的学说的巨大感染力，只有你们佛教中的禅宗，不拿文字本身教人，而直指文字表象背后的思想底蕴，令人有所悟解，不致于被生死这些俗情所惑乱这才是大胜其他的修证之道啊！”
宝印禅师接着皇帝的话题说：“岂止是后代儒生不懂孔子思想，就连孔门七十二贤者之一的颜子，亲身跟随孔子学习，也未能参通孔子学说的思想底蕴啊！……所以张商英曾经说进一句话：学佛之后，才能明晓儒家理论。这句话真是至理名言啊！”
皇帝对宝印禅师的对答十分称道，不觉龙心大悦，情趣大增。因此，皇帝又接着由儒家而转入道教，询问起宝印禅师：“庄周又是个什么样的人呢？”
宝印禅师评价说：“庄周虽然贵为道教之祖，但在我看来，不过是佛教之中小乘佛教声闻以下的人而已。为什么这么说呢？这是因为，小乘佛教讨厌自己的肉身如同僧恶桎梏镣铐一样，抛弃智慧如同躲避瘟疫、毒素一样。他们还追求烈火焚身，一心只想超脱生命，进入无为法界。这不正和《庄子》中所说的身体完全可以当作枯木扔掉、灵魂本来应当如同死灰一样停止思想之类的话如出一辙吗？但是，大乘佛教则不然。他们不仅仅只是尽心努力，自己修证菩提，而且努力救渡世间万民，使他们和自己一样脱离苦海，往生佛国净土。这就正如远古先师伊尹所说的那样：用自己的正道法力感悟世间万民，如果还有一人没有被救助，就好像是自己忍心弃置他在深沟污水之中，而不伸手援助，这决不是一个以慈悲为怀的出家之人所能忍心不管的。……”
皇帝听罢，龙颜欢欣，龙心大悦。就任命宝印禅师住持径山寺宇。在这里，宝印禅师开堂设会，传佛示禅，盛况空前。
到了宋孝宗淳熙十年(公元1183年 )二月，孝宗皇帝御笔亲注《圆觉经》完成了，就诏命宝印禅师代为作序，并印行传布。
宋光宗绍熙元年(公元1190年)十一月，宝印禅师特地前去拜谒智策禅师，然后又与他诀别。智策禅师一听，知道宝印禅师已然明晓自己大行西归之期，就问他具体时间在什么时候，宝印禅师说：“水到而渠成。”他见智策禅师有些不解，就干脆让他拿来纸笔，然后大书“十二月初七晚上鸡叫之时”几个字，留在智策禅师手头，以备日后验证。
到了这一天，是雄鸡报晓、东方欲亮的时刻，宝印禅师果然圆化西去！
宝印禅师圆化之后，尸身居停了七天，而面容明润，丝毫也没有改变；全身温软，全不像早已亡化多日的样子。后来，门人弟子将他全身埋葬在径山西岗；并封谥为“慈辩”，建僧塔名“智光”。
