《繁城之下》大结局直接封神，真凶不仅不是魏知县，甚至他都不是陆不忧。我也不是陆不忧，三更为了给师傅报仇，选择与大恶人陆直合作，以陆直出城为诱饵，把武功最高的吕三派出去跟踪，而三更说要保护落单的牛不厌，带着二十个弟兄离开衙门，因此导致衙门防守空虚，给杀手柳十七提供作案条件。
而魏知县很清楚现在的情况，却还把贴身的师爷派出去，师爷为了他的安全本不愿意离开，但也只能听从魏知县的安排。
与此同时，宋辰经过调查也猜出魏知县就是凶手，他也看出三更的计划，便把三更叫了回来，谁知他却把三更捆了起来。
随后宋辰带人来到魏知县的房间，本以为是抓捕魏知县，结果当杀手到来后被瞬间制服，才知道宋辰是为了保护魏知县，可等他们看清楚杀手的面容，发现只是一个路人甲。宋辰对着他严刑拷问，得知有人给了他500两让他来的。
随后他们一群人刚出门，在屋顶等待多时的柳十七就出手了，三两下就放到了捕快，甚至宋辰也中了一镖。而魏知县身前的夏捕头也被一招放倒。
就在柳十七准备对魏知县动手时，魏知县掏出火枪射击，虽然柳十七当场毙命，但魏知县也受了重伤，随后三更被放了出来。当他得知宋辰跟一帮兄弟死后，心里充满了愧疚，因为是他给陆直出的主意，认为是自己害死了他们。
士聪一直在身边安慰他。随后三更为了给宋辰报仇，决定立刻行动把所有人都抓起来。他先找到牛不厌，说柳十七已经成功，现在带他出城，便把他抓了起来。
而牛不厌为了活命，在魏知县面前说要做证人，证明陆直的犯罪事实，以此来换取自己的狗命。
随后魏知县带领众人找到陆直，面对桌台衙门的逮捕，陆直对自己的犯罪事实供认不讳，只是当他说出自己本就姓薛，陆直是自己的假名时，魏知县却说自己也不是陆不忧。原来当年大火那晚翠华楼的小宝也在陆府，着火的时候，他没有晕倒随后把陆不忧救了出来，可他们没有路出去。想到忠爷院子里的枯井里面还有一个密室，本想进去躲避，结果却发现没有绳子，于是小宝去找绳子。
而就在这时陆不忧意外撞见陆直杀害忠爷。原来陆直早就知道了陆员外没想杀他，都是忠爷的怂恿，而忠爷临死前却说道自己的金子。可陆直并没有相信，陆不忧看到这里害怕的发出了声响，幸好火势太大阻挡了陆直的去路，这才没有被发现。
随后小宝带着绳子回来，可就在二人准备说话时房屋坍塌，陆不忧为了救小宝被房屋砸中当场死亡。而小宝来到枯井中的密室，一待就是好几天，害怕别人发现也没有生火，结果他的食物却被老鼠给啃了。
他把手中的铁板扔向老鼠，却发现铁板内有乾坤。等他洗干净铁板之后发现里面都是金子，后来小宝变卖了金子学了字，看到忠爷留下的日记也知道了事情的来龙去脉，为了还陆不忧他们一个公道，所以二十年后回来当知县，可他刚到就开始发生命案。
原来冷捕头虽然跟陆直是同伙，但这些年一直在敲诈陆直的钱财，为此失去了性命。而陆直也准备一不做二不休，把当年的知情人全部杀害。随后死去的就是王夫子。程神医听说这两起命案就来县衙认罪，可当时的小宝并不相信，结果第二天程神医就被杀了。
随后在死去的赵举人家里，也找到他留下的遗书，里面也清楚的写了陆直的犯罪事实。虽然现在人证物证都有，可陆直现在的身份是举人，可小宝却只是一个知县，没有权利捉拿。于是早就写好了遗书留好证据，然后故意让柳十七来杀他，这样就能跟陆直同归于寂。
而故事最后，小宝故意走到陆直面前，陆直也丝毫没有犹豫，把儿时最好的玩伴给捅死，然后自杀身亡。
